Il Centro per la storia dell'Università di Padova (CSUP) fu istituito nel 1922 in occasione delle celebrazioni per i settecento anni dell'Ateneo. Nacque come Istituto per la storia dell'Università di Padova su stimolo di una delle commissioni costituite per la ricorrenza, ovvero quella deputata a raccogliere e a pubblicare studi e contributi scientifici dedicati alla storia dell'Ateneo patavino. Fu abbastanza naturale pensare di dare continuità al gruppo di studiosi e di cultori di storia dell'Università, fondando l'Istituto omonimo che ebbe però una battuta d'arresto venendo a mancare, proprio nel 1922, il suo principale promotore, Antonio Favaro. L'Istituto non poté così dare corso al progetto iniziale, perlomeno non secondo quanto immaginato dal Favaro, nonostante il regolare rinnovo annuale delle cariche e l'ampliamento nel numero dei componenti che, alla fine degli anni Venti, superò le trenta persone. La stessa indeterminatezza traspariva nelle "oscillazioni" dell'intitolazione: nel 1927-1928 l'Istituto prese il nome di Commissione permanente dell'Istituto per la storia dell'Università di Padova, dieci anni più tardi assunse quello di Comitato per la storia dell'Università di Padova.

Nel 1943 il rettore Carlo Anti, nelle consegne al successore Concetto Marchesi, tornava sulla Commissione permanente per la storia dell'Università sottolineandone da un lato le criticità – colte in particolare nella poca attenzione riservatale dallo stesso rettore-presidente oberato da tanti altri impegni, nella mancanza di stanziamenti fissi, pur se modesti, nell'indefinitezza della struttura – dall'altro i risultati raggiunti e tangibili, come la costituzione della biblioteca, proprio «quella biblioteca del Rettorato» che divenne il nucleo primigenio dell'attuale biblioteca del Centro per la storia dell'Università di Padova.

Nel dopoguerra la situazione non vide significativi miglioramenti. Gli anni Cinquanta diedero qualche segnale di svolta, ma bisognò attendere gli anni Sessanta e la direzione di Paolo Sambin – che la mantenne fino al 1982 – per la completa rivitalizzazione dell'Istituto. Furono anni cruciali, nei quali l'interesse e la perseveranza nella ricerca d'archivio, promossa e sostenuta dal Sambin, portarono a un rinnovamento degli studi sulla storia dell'Università esemplati dalle collane editoriali curate dal Centro: nel 1964 i primi due volumi di "Contributi alla storia dell'Università di Padova", nel 1967 la pubblicazione degli Acta nationis Germanicae artistarum (1616-1636), nel 1968 il primo numero della rivista «Quaderni per la storia dell'Università di Padova», nel 1969 per le "Fonti" gli Acta graduum (1501-1525). Pubblicazioni alle quali, negli anni successivi, si aggiunsero i "Profili biografici", i "Documenti di vita accademica", "I classici della storia dell'Università di Padova" e altro. Brendan Dooley scrisse nella rivista «History of Universities» che tali attività «hanno fatto della storia dell'Università di Padova quella più documentata in Italia e in Europa».

I problemi collegati alla indefinitezza della struttura giunsero a conclusione nel 1981 quando, con decreto del Presidente della Repubblica n. 1115 del 31 ottobre, il Centro per la storia dell'Università di Padova ottenne il riconoscimento giuridico e l'inserimento nello statuto dell'Università. Suo scopo precipuo era ed è di «promuovere con rigore scientifico la conoscenza della storia dell'Università di Padova dalle origini ai nostri giorni e dei suoi rapporti con la cultura italiana ed europea». Il Centro, oltre a proseguire la propria attività di ricerca, si occupava, allora come oggi, di fornire consulenza agli studiosi sui documenti custoditi presso l'archivio storico, della conservazione e dell'incremento della raccolta bibliografica specializzata, della raccolta iconografica, del medagliere e di altri cimeli. Inoltre promuoveva attraverso il premio Facciolati-Gloria (riservato agli studenti) ricerche originali sulla storia dell'Università.

Con decreto rettorale del 5 novembre 1999 fu emanato il nuovo statuto del Centro che ne ridefinì i compiti, soprattutto a seguito dell'istituzione dell'Archivio Generale di Ateneo: le due strutture garantivano l'una all'altra «la più ampia collaborazione scientifica alle attività di conservazione, tutela, ordinamento, restauro, inventariazione e redazione dei mezzi di corredo dei documenti costituenti la sezione separata»; in particolare, il Centro «partecipa con parere preventivo alle operazioni scarto» e l'Archivio «fornisce al Centro per la storia dell'Università di Padova il più ampio supporto all'attività di ricerca sulla storia dell'Ateneo, promossa o svolta direttamente dal Centro (...)». La struttura del Centro prevedeva l'assemblea generale, un direttore e un consiglio direttivo.

A seguito della trasformazione del Centro per la storia dell'Università di Padova nell'attuale Centro di Ateneo (decreto rettorale n. 2951 del 9 ottobre 2014), per modifica statutaria sono cessate le funzioni dell'assemblea del CSUP.

Successivi decreti rettorali hanno inoltre approvato alcune modifiche allo statuto riguardanti la gestione amministrativo-contabile del Centro come struttura autonoma, e anche l'ampliamento del numero degli esperti esterni del Consiglio direttivo.