Fonte primaria per la storia dell’Università di Padova è l’archivio storico. La sua gestione compete all’Ufficio Gestione documentale; il Centro per la storia dell’Università di Padova, oltre alle finalità previste dal proprio statuto, condivide con l’Ufficio Gestione documentale la sala studio e fornisce consulenza e assistenza agli studiosi che la frequentano.

Soltanto una parte dell’archivio storico è conservata nella sede centrale dell’Università, il palazzo del Bo; molte altre serie archivistiche (per es. i fascicoli del personale e degli studenti) sono ubicate nei depositi di Legnaro (PD), e la richiesta di unità archivistiche deve essere fatta con qualche giorno di anticipo rispetto alla data di consultazione nella sala studio. 

L'archivio storico conserva la documentazione istituzionale dell'Università; non sono presenti carteggi o manoscritti di docenti.

Convenzionalmente l’archivio storico dell’Università di Padova è suddiviso in:

• archivio antico
• archivio dell’Ottocento
• archivio del Novecento

L’archivio antico, un complesso di fondi che si estende dal XIII agli inizi del XIX secolo, è dotato di due strumenti di corredo, redatti nel 1893 da Giuseppe Giomo, funzionario dell’Archivio di Stato di Venezia: un «catalogo», cioè un inventario manoscritto di stampo ottocentesco, dotato di un certo grado di analiticità descrittiva delle unità archivistiche, e una memoria a stampa, in cui i fondi e le serie sono descritti in maniera sintetica, ma che offre in più, rispetto all’inventario manoscritto, utili introduzioni storico-istituzionali. Il «catalogo» è stato arricchito dalle descrizioni di fondi acquisiti dall’Università dopo il 1893. Va sottolineato che i fondi dell’archivio antico non sono pervenuti fino ai nostri giorni in forma completa: moltissime sono le lacune, soprattutto per i primi secoli di vita dello Studio (XIII-XVI).

L’archivio dell’Ottocento si presenta come un complesso di fondi, sostanzialmente completo, articolati in una parte preunitaria e in una postunitaria: Rettorato, Economato e patrimonio, singole Facoltà. 

L’archivio del Novecento è articolato in diverse serie, molte delle quali (per es. gli “Atti del Rettorato”) sono riordinate e inventariate per il periodo 1901-1960. Altre serie (per es. studenti e personale), pur non essendo riordinate e inventariate, dispongono di propri strumenti di corredo che ne consentono l’accesso.

L’archivio aggregato della regia Scuola di ingegneria (1923-1935) è riordinato e inventariato; non lo è l’archivio aggregato dei Consorzi edilizi, ma dispone di un proprio strumento di corredo.

Per approfondire la storia e la struttura dell’archivio antico si rendono disponibili i seguenti materiali: